Após a avaliação diagnóstica é instituído o Plano Terapêutico, que pode inicialmente ser provisório e a qualquer momento revisto em função de novos dados clínicos e dos resultados obtidos. O Plano Terapêutico inclui a terapêutica medicamentosa e não medicamentosa, com procedimentos a ser levados a cabo na Clínica, no domicílio e eventualmente em Instituições exteriores. A elaboração do mesmo é feita pela Equipa Transdisciplinar, considerando o diagnóstico, as avaliações prévias, o parecer dos avaliadores e de outros técnicos a quem possa ser solicitado parecer. Tanto a própria pessoa, como eventualmente familiares ou prestadores de cuidados, serão envolvidos naturalmente na elaboração e concretização do Plano Terapêutico.
As precedentes considerações remetem-nos para uma outra forma de tratar, que não se cinge às Consultas, mas antes a um seguimento do doente, centrado no próprio doente e no seu conhecimento, atentos à forma como evolui a doença, a resposta à terapêutica e como o doente se relaciona com a doença e com o ambiente. A este processo chamamos de Acompanhamento Terapêutico, e tem a vantagem de se conseguir um maior conhecimento do doente e da doença, com o objetivo de poder intervir nas várias dimensões da doença de forma oportuna. Desse conhecimento resulta também a possibilidade de informar familiares e ajudantes, dos procedimentos e cuidados a ter para com aquele doente.